Shaggy, Scooby-Doo ve arkadaşları, yanlışlıkla serbest bıraktıkları 13 hayaleti sihirli bir sandığa geri koymak zorundadırlar. Daphne ve Scrappy-Doo'nun yanı sıra yeni gelen Flim-Flam ile birlikte, sandığa geri getirilmesi gereken hayaletlerle yüzleşmek için dünyayı dolaşırlar.